Será durante o parto que o bebê terá seu primeiro contato com microrganismos e o perfil desses microrganismos dependerá do tipo de parto, isto é, quando o bebê nasce de parto normal as primeiras bactérias que serão inoculadas no organismo dele serão diferentes daquelas quando o parto for do tipo cesárea.

Apesar de haver essa diferença entre os microrganismos em cada tipo de parto, o parto em si não irá determinar o perfil da microbiota desse recém-nascido ao longo da vida, é apenas uma característica momentânea. O perfil dessa microbiota será determinado pela alimentação, e destaco aqui o aleitamento materno exclusivo até os 6 primeiros meses de vida, pois ele contribui para a colonização da microbiota, crescimento e desenvolvimento do bebê, nutrição e para a formação do sistema imunológico.

Ao longo da vida, a alimentação desse indivíduo irá determinar a prevalência das bactérias na sua microbiota. Se a alimentação for baseada em alimentos in natura e minimamente processados, como preconizado pelo Guia Alimentar para a População Brasileira, esse indivíduo terá uma microbiota de qualidade superior e provavelmente uma saúde e sistema imunológico melhores do que quando se compara a um indivíduo que possui elevado consumo de produtos industrializados, alimentos ricos em gorduras e açúcares e fast foods.